软件著作权登记证书丢失了，当事人可以及时申请补发或换发。根据相关法律规定，软件著作权登记后，应当予以登记公告，若登记证书遗失或损坏的，可申请补发或换发。
【法律依据】
《计算机软件著作权登记办法》第九条
申请软件著作权登记的，应当向中国版权保护中心提交以下材料：
（一）按要求填写的软件著作权登记申请表；
（二）软件的鉴别材料；
（三）相关的证明文件。
第十九条
对于本办法第九条和第十四条所指的申请，以收到符合本办法第二章规定的材料之日为受理日，并书面通知申请人。
第二十条
中国版权保护中心应当自受理日起60日内审查完成所受理的申请，申请符合《条例》和本办法规定的，予以登记，发给相应的登记证书，并予以公告。
第二十五条
登记证书遗失或损坏的，可申请补发或换发。
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